Logiciels

LOGICIELS

 

  • MEMM (Mixed Effect Mating Model)

Programme informatique pour estimer le noyau de dispersion du pollen et la variance de fertilité mâle à partir de données spatiales et génétiques (marqueurs microsatellites) de plantes adultes et de graines échantillonnées (voir Klein et al. 2008 Molecular Ecology).

Computer program that enables to estimate the pollen dispersal kernel and the variance in male fecundity from spatial and genetic data (microsatellites) concerning adult plants and sampled seeds (see Klein et al. 2008 Molecular Ecology).

 

Le logiciel URTIRISK permet d'évaluer le risque allergique lié à la présence de processionnaires du pin en France métropolitaine. Ce logiciel est essentiellement basé sur des données collectées par l'unité INRA URZF (UR633).

The software URTIRISK allows the user to observe the evolution of the allergic risk associated with the presence of pine processionary moth, over a year and throughout the French territory. This software is mainly based on the observations of the population range carried out by INRA URZF (UR633).

 

Le package StrainRanking est disponible sur le serveur R CRAN. Il permet, à partir de données démographiques et génétiques récoltées au cours d'une épidémie, de classer les souches d'un pathogène en fonction de leurs contributions au développement de l'épidémie (Soubeyrand, Tollenaere, Haon-Lasportes and Laine, 2014, PLOS ONE).

The StrainRanking package is available on R CRAN repository. Using demographic and genetic data collected during an epidemic, the package allows to rank pathogen strains with respect to their contribution to the epidemic (Soubeyrand, Tollenaere, Haon-Lasportes and Laine, 2014, PLOS ONE).

 

Le package FeedbackTS est disponible sur le serveur R CRAN. Les outils fournis par le package permettent l'analyse de feedback dans une série temporelle ou dans un ensemble de séries temporelles collectées en différents points d'un domaine spatial (Soubeyrand, Morris and Bigg, 2014, Environmental Modelling & Software).

The FeedbackTS package is available on R CRAN repository. Tools provided by the package allow the analysis of feedback in a single time series and the analysis of feedback in a set of time series collected across a spatial domain. (Soubeyrand, Morris and Bigg, 2014, Environmental Modelling & Software).

 

Code R pour estimer la taille efficace et le taux de sexualité d'une population partiellement clonale échantillonnée à deux dates différentes (Ali, Soubeyrand, Gladieux, Leconte, Gautier, Mboup, de Vallavieille-Pope and Enjalbert, Rapport de Recherche).

R code to estimate effective size and sex rate of a partially clonal population sampled at two different times (Ali, Soubeyrand, Gladieux, Leconte, Gautier, Mboup, de Vallavieille-Pope and Enjalbert, Research Report).

 

Multiland est un programme Matlab permettant de générer des paysages neutres constitués d'un nombre prédéfini de régions. Il permet un contrôle exact de la proportion du paysage occupée par chaque région. Il permet également un contrôle précis du degré de fragmentation. Ce programme a été développé dans le cadre du projet ANR PEERLESS "Viabilité d’une gestion écologique renforcée de la santé des plantes dans les paysages agricoles".

The main goal of Multiland is to generate neutral landscapes made of several types of regions, with an exact control of the proportions occupied by each type of region. An important feature of the software is that it allows a control of the landscape fragmentation. It is intended to theoretical studies on the effect of landscape structure in applied sciences. It has been developed in the framework of the PEERLESS ANR project ``Predictive Ecological Engineering for Landscape Ecosystem Services and Sustainability".

 

  • GMCPIC (Generalized Monte Carlo plug-in test with calibration)

Package R incluant une procedure de calcul intensif pour tester l'égalité de deux vecteurs de probabilités p1 et p2 en utilisant deux tirages multinomiaux obtenus sous ces probabilités. The package GMCPIC a été en particulier développé pour tester des différences entre compositions de pathogènes de petits échantillons et des données rares.

R-package implementing a computer intensive procedure to test the equality of two unknown vectors of probabilities p1 and p2 based on two multinomial draws performed with these probabilities. The GMCPIC package was specifically developed to test differences between pathogen compositions with small samples and sparse data.

 

  • MOBIDYC MOdélisation Basée sur les Individus pour la DYnamique des Communautés - logiciel non-maintenu -

 

  • APIMODEL Le système SI-APIMODEL est constitué d'un ensemble d'applications et d'une base de données relationnelles qui sert au stockage de données d'observations de miellées en rucher, faites dans le cadre du projet APIMODEL. Pour avoir une idée du travail fait dans le projet APIMODEL, qui se prolonge par la création d'une base de données qui lui est consacrée, on pourra visiter le site consacré aux Observatoires des miellées en rucher : Lavandes et Tournesol. Ces applications ont été élaborées avec le logiciel R, enrichi de nombreux packages comme Shiny, dplyr, RPostgreSQL, etc. Les fonctions associées sont : visualisation et représentation graphique de données en table, recherche d'informations par divers critères, utilisation de carte pour retrouver les ruchers (position et autres informations caractérisant un rucher), téléchargement de toutes données concernant un rucher sous la forme d'un fichier .zip, etc.