Homepage Olivier Bonnefon

 

Bonnefon Olivier, ingénieur de recherche en calcul scientifique
INRA
Unité de Biostatistiques et Processus Spatiaux
Tel: +33 4 32 72 21 77
olivier.bonnefon _at_inra.fr

 

Je travaille sur l'étude et la simulation des modèles d'épidémiologie et de biologie des populations. Ces modèles visent à  décrire l'évolution du pathogène ou de la population dans l'espace et le temps.

Dévelopements informatiques

 Je travaille au développement d'un environnement visant à la mise en oeuvre de l'approche mécanistico-statistique: MSE

 

Ci-dessous, un exemple de l'utilisation de l'environnement MSE pour la prédiction de la propagation des syndromes grippaux au cours des semaines 3, 4 et 5 de 2020 à partir des observations de la semaine 2. Le modèle est décrit dans l'etude de 2019.

simu grippe 2020

La première ligne représente la prédiction de la propagation des symptomes de la grippe. La deuxième ligne montre les données interpolées fournient par le réseau Sentinelles.

On peut constater que l'étude menée sur les données 2019 prédit une vitesse de propagation de 90 km/semaine, similaire à celle observée en 2020.

 

Présentations

PEERLESS 2016: Deux exemples d'estimation de paramètres de modèles EDP à partir de données

Payote 2014: Simulations d’un modèle d’interaction entre parcelles et bordures, applications à la dynamique des populations de ravageurs sur des paysages

ModStatSAP 2013: Simulation d’un modèle Lotka-Volterra spatialisé

 

Projets

RESISTE (ANR, 2019-2022)

NONLOCAL (ANR, 2015-2019)

Réseau MEDIA (INRA MIA, 2014-)

Publications

[](avec Candy Abboud, Eric Parent et Samuel Soubeyrand) Dating and localizing an invasion from post-introduction data and a coupled reaction-diffusion-absorption model. Août 2018. https://arxiv.org/abs/1808.00868

[](avec Jérôme Coville et Guillaume Legendre) Concentration Phenomenon in Some Non-Local Equation may 2017. in DCDS-B.doi: 10.3934/dcdsb.2017037 .

[] (avec Lionel Roques) Modelling Population Dynamics in Realistic Landscapes with Linear Elements: A Mechanistic-Statistical Reaction-Diffusion Approach, PLOS ONE, 2016 http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0151217

[] (avec Thomas Boivin, Lionel Roques et Yuzo Hosono) The effect of competition on the neutral intraspecific diversity of invasive species. Journal of Mathematical Biology, 2015, DOI 10.1007/s00285-014-0825-4

[] (avec Lionel Roques, Jérôme Coville, Jimmy Garnier et François Hamel) The spatio-temporal dynamics of neutral genetic diversity. Ecological Complexity, vol 20 (2014), 282–292.

[] (avec Lionel Roques, Jérôme Coville et Jimmy Garnier) Inside dynamics of solutions of integro-differential equations. Discrete and Continuous Dynamical Systems - Ser. B, 19(10): 3057--3085, 2014

[] (avec Lionel Roques, Jimmy Garnier et François Hamel) Inside dynamics of delayed traveling waves. Mathematical Modelling of Natural Phenomena, vol 8 (2013), 42-59.

[] (avec Gilles Daviet) Quartic formulation of Coulomb 3D frictional contact. Technical Report, inria (2011)

[] (avec Vincent Acary et Bernard Brogliato) Time-stepping numerical simulatin of switched circuits within the nonsmooth dynamical systems approach. Computer-Aided Design of Integrated Circuits and Systems, IEEE Transactions on (2010)

[Livre] (avec Vincent Acary et Bernard Brogliato) Nonsmooth modeling and simulation for switched circuits - 2010

Quelques illustrations

 

un système ravageur/prédateur front tiré et front poussé propagation du moustique tigre par les autoroutes