Introduction
Ce tutoriel montre comment construire une covariable à partir d'une image TIF. La covariable sera nommée et pourra être référencée dans la description du modèle ou du processus d'observation.
Pour l'exemple, l'image de départ est :
Projetée sur le maillage, cela donnera :
La suite de cette page décrit comment mener cette étude dans MSE, d'une part via l'interface, d'autre part via un script python.
Description de l'étude
Le répertoire de travail est défini :
import mse
MY_OUTPUT_DIR=os.getenv("MSE_OUTPUT_DIR", "/tmp/TUTO")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_OUTPUT_DIR,MY_OUTPUT_DIR)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_MODEL_NBSPECIES,1)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_MODEL_NBPARAMS,1)
Description de la zone d'étude
La création de la covariable est valable pour un maillage donné. Il s'agit ici d'une partie de la France :
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_GEOM_DIR,MY_GEOM_DIR)
mse.setRealParam(mse.MSE_KEY_GEOM_NPERLENGTH,1e-4)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_GEOM_SYM,1)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_GEOM_REVEDGE,0)
mse.buildGeom()
mse.buildDirectories()
os.system("cd "+MY_OUTPUT_DIR+";/opt/freefem++/src/nw/FreeFem++-nw "+MY_OUTPUT_DIR+"/buildXY.edp")
Choix de l'image à importer
Dans le module "DONNEE", cliquer sur 'Importer une image tif'.
Il sera considéré 5 niveaux de couleurs. La covariable sera nommée 'R1'.
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_IMAGE_NAME,"/tmp/grippe52.tif")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_RASTERDIR,"/tmp/")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_RASTER_NAME,"R1")
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_N_LEVELS,5)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_MAX_DIST,50)
mse.setRealParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_RELATIVE_WSIZE_CONVOL,0.05)
Description des zones de couleurs
Pour chacune des 5 couleurs est associée une valeur :
mse.importTifSetRGBV(0,0,127,0,0.0)
mse.importTifSetRGBV(1,25,186,0,25)
mse.importTifSetRGBV(2,178,232,0,50)
mse.importTifSetRGBV(3,265,235,0,80)
mse.importTifSetRGBV(4,255,191,0,120)
mse.importTifToRatserPerform()
Visualisation de la covariable
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_RASTERDIR,"/tmp/")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_ADDCOV,"R1")
os.system("cd /tmp/TUTO/;/opt/freefem++/src/nw/FreeFem++ /tmp/TUTO//showHeterogenCov.edp")