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121 results found

MEMM

Bayesian estimation of individual fecundities and pollen dispersal kernel from microsatellite data on seeds and adult trees.

MEMM implements a Bayesian statistic method first presented in Klein et al. (2008). It estimates the pollen dispersal function and the variance in male fecundity on the basis of spatial information (positions of sampled plants, positions of all putative fathers in the study plot) and genetic information (genotypes of the sampled plants, putative fathers and sampled seeds).
Klein et al. (2011) investigates the performance of the method on simulated datasets and illustrate how neglecting the random component in male fecundity can lead to erroneous conclusions.

Auteur(s)
Klein EK
Oddou-Muratorio S
Carpentier F
Rey JF
Contact
jean-francois.rey@inra.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Département co-porteur
Informations complémentaires

Sont distribués les executables pour MSWindows et MAC, le source est disponible sur demande.

Informations générales
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R; C++; C
N° de version courante
v2.0
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

PF-MIGALE

Plateforme bioinformatique Migale

MIGALE a pour vocation de fournir des services à la communauté des sciences de la vie à travers quatre niveaux de service :

Mise à disposition d'une infrastructure informatique dédiée au traitement des données des sciences de la vie. Cette infrastructure comprend un cluster de calcul, des moyens de stockage, l'accès à des données publiques ou privées ainsi qu'à des outils bioinformatiques.

Diffusion d'un savoir-faire en informatique, bioinformatique et biostatistique par le biais de formations, de tutoriels, d'assistance et de conseil aux utilisateurs.

Conception et développement d'applications variées telles que des outils, des interfaces web conviviales et des bases de données.

Analyse de données génomiques, plus particulièrement à destination du métaprogramme MEM (Méta-omiques et Ecosystèmes Microbiens).

Auteur(s)
Loux Valentin
Contact
help.migale@jouy.inra.fr
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
PF Migale
Département co-porteur
Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
572 cœurs
Volume disque
> 150 To
Puissance en TeraFlops
< 10 TeraFLOPS
Nombre d'utilisateurs
> 200
Coût moyen annuel (€)
75
Nombre ETP permanent
4.45 ETP
Nombre non ETP permanent
1 ETP
Nombre logiciels en services
140 outils bioinformatiques, 75 banques en ligne

OntoBiotope Database

OntoBiotope Database est une base de donnée

OntoBiotope Database is an on-line service for the navigation through the OntoBiotope database of microorganisms and habitats described in PubMed reference. The result of the user query is display through a treemap representation.

Mots clés
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
Bibliome
Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
N° de version courante
V2.1
Date de la version courante
Taille
< 50 Go
Type de licence
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

Cluster MIAJ

Le Cluster MIAJ a pour but de promouvoir le calcul scientifique à haute performance. Son ensemble de serveurs est destiné aux personnes de l'Unité désirant effectuer des calculs numériques nécessitant des ressources informatiques importantes.

cluster OGE, dédiés aux calculs de l'unité et aux collaborateurs des chercheurs

Mots clés
Auteur(s)
Monvert Eric
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
Dynenvie
Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre d'utilisateurs
< 50
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

RCali

RCALI is a R package that makes interface between CaliFloPP and R.

 

RCALI is a R package for CALculation of the Integrated flow of particles between polygons. It makes interface between CaliFloPP and R. CaliFloPP is a software that calculates flows of particles between pairs of polygons, when given a so-called individual dispersal function. The individual dispersal function describes the particle dispersion between pairs of points, and CaliFloPP deduces the total flows between pairs of polygons. Moreover, RCALI allows to take into account the angle of the current point with the horizontal, and so, to analyze anisotropic dispersal function.

Auteur(s)
Bouvier Annie
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
Dynenvie
Informations complémentaires

RCali est aussi disponible sur le site du CRAN

Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R; C++
Langage(s) d'interface
R
N° de version courante
V1.1-1
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

Librairie 1D / 2D

Simulation de dynamiques de populations sur des paysages 2D/1D et couplage à des générateurs de paysages.

Bibliothèque qui permet de définir un modèle générique couplant des EDP 2D pour modéliser la dynamique sur les parcelles bidimensionnelles et des EDP 1D pour la dynamique sur les éléments linéaires du paysage. Ce simulateur permet de résoudre ces modèles sur des paysages réalistes : paysages aléatoires ou réels représentés sous la forme d'objets géométriques 2D/1D. 

Auteur(s)
Olivier Bonnefon
Lionel Roques
Contact
olivier.bonnefon@inra.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Informations complémentaires

Partiellement écrit en Freefrem script et Matlab

Informations générales
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
Langage(s) d'interface
N° de version courante
1.0
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
GPL
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

GMCPIC

Generalized Monte Carlo plug-in test with calibration

GMCPIC (Generalized Monte Carlo plug-in test with calibration) is an R-package implementing a computer intensive procedure to test the equality of two unknown vectors of probabilities p1 and p2 based on two multinomial draws performed with these probabilities. The GMCPIC package was specifically developed to test differences between pathogen compositions with small samples and sparse data.

Auteur(s)
Samuel Soubeyrand
Vincent Garreta
Contact
jean-francois.rey@inra.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R
N° de version courante
1.1
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

SI-APIMODEL

Système d'information construit autour d'une base de données des "Observatoires des miellées en rucher : Lavandes et Tournesol" , permettant la visualisation, la récupération, ... des données.

SI scientifique basé sur une base de données sous PostgreSQL, dédiée au stockage des données d'observations de miellées et composé de plusieurs applications : visualisation de graphiques de calcul, récupération de données de la base, positionnement des ruchers sur une carte OSM, ... (détails concernant les applications dans les commentaires)

Mots clés
Auteur(s)
Kretzschmar A.
Haddad A.
Houde L.
Contact
abdelmalek.haddad@inra.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Département co-porteur
SPE
Informations complémentaires

Applications développées, maintenues et suivies  en R (OS Indifférent)

Informations générales
Partenaire externe
aucun
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
N° de version courante
V1.0
Date de la version courante
Taille
< 1 Go
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

Observatoires des miellées

Observatoire sur la miellée de Lavandes (depuis 2009).
Observatoire de la miellée de Tournesol.

Ce programme est mené en collaboration avec les apiculteurs de l'ADAPI et de l'ADARA et il est co-animé par Alban Maisonnasse, chargé de mission Expérimentation à l'ADAPI. Le but de cette étude est d'étudier les cause de l'affaiblissement des ruchers sur lavandes à l'aide de la
constitution d’un reseau d’observation et d'études de terrain.

Mots clés
Auteur(s)
André KRETZSCHMAR
Contact
andre.kretzschmar@avignon.inra.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Département co-porteur
SPE
Informations complémentaires

Base de données sous forme de fichiers plats téléchargeables au travers de pages html

Informations générales
Partenaire externe
ADAPI / ADARA 
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

URTIRISK

URTIRISK is done to observe the evolution of the allergic risk associated with the presence of pine processionary moth, over a year and throughout the French territory. 

The allergy risk depends on the time of year, and, of course, on the presence of caterpillars.

The production of urticating setae begins during the larval stage "L3"  (Huchon and Démolin 1970). We begin by defining a potential allergy risk R0 which depends on the latitude and on the time of year, but which is independent on the presence of PPM. The computation of this potential allergy risk is based on the following assumptions :

1. There is a time t0, which corresponds to the beginning of the larval stage L3 and a time t1 which corresponds to the beginning of the procession. These times depend on the latitude only. They are computed on the basis of the chart in Démolin and Huchon (1970), adapted to the current geographical distribution of the PPM.

2. The duration of the procession is fixed to 30 days.

3. Urticating setae are released with a constant rate between t0 and t1, and with another (higher) rate during the procession.

4. The half-life of the setae is fixed to 10 days in the current version of the software.

Then, we define a function R1, which depends on the position (latitude, longitude), and roughly describes the distribution of the PPM nests:

5.  We build a map of the potential area of distribution of the PPM, using only the northern front and the altitudinal front in the Massif Central together with the altitudinal limit of 1400m.

6. Using the IGN map showing the location of pine trees, we restrict the area of distribution of the PPM to the locations where pine trees are present.

7. We use a smoothing kernel to take into account the uncertainty related with the presence of unlisted isolated host trees and PPM nests beyond the colonization front.

By overlaying maps R0 and R1, we obtain a model for the risk R as a function of position (latitude, longitude) and date.

 

software urtirisk

 

Auteur(s)
Roques L.
Soubeyrand S.
Garnier J.
Batisti A.
Robinet C.
Roques A.
Rousselet J.
Contact
Lionel.roques@ina.fr
Porteur(s)
Unité
BioSP
Département co-porteur
Informations complémentaires

The risk R is normalized (in time and space), so that the maximum risk value is R=1. We define a warning threshold S in terms of the maximum risk. The URTIRISK software produces a map with four risk levels: no risk for R <S/10 (in white), low risk to S/10 ≤R <S (blue), medium risk for S ≤R <10S (in yellow) and very high risk for R≥ 10S (red).

Informations générales
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
Langage(s) d'interface
C++
N° de version courante
1.0
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
GPL
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

PARIS

Proteomic Analysis and Resources Indexation System

PARIS est un système d'intégration de données protéomiques centrées sur les images électrophorèses. Conçu selon le principe de travail collaboratif, il gère à la fois les données brutes et les informations associées aux procédures d'analyse, fournit des outils pour la visualisation, la comparaison et la validation des données et résultats, et permet l'analyse croisée des données issues des expériences différentes.

Auteur(s)
Wang Juhui
Contact
Juhui.Wang@inra.fr
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
Dynenvie
Informations générales
Informations spécifiques
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

pgs

Precision of Geometric Sampling. Package R permettant d'évaluer des dispositifs d'échantillonnage couramment utilisés en microscopie. Possibilité de calculer un protocle optimal et de comparer plusieurs protocoles.

pgs is a R package that can be used for computing and estimating the mean squared error of planar area and volume stereological estimators based on grids of points, lines, quadrats, serial sections, fakir beds...

Auteur(s)
Kiêu Kiên
Mora Marianne
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Informations complémentaires

pgs a aussi une page d'accueil à http://genome.jouy.inra.fr/logiciels/pgs.

Informations générales
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R
Langage(s) d'interface
R
N° de version courante
V0.4-0
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

planor

Génération de plans factoriels réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs

Automatic generation of regular factorial designs, including fractional designs, orthogonal block designs, row-column designs and split-plots.

Auteur(s)
Monod Hervé
Bouvier Annie
Kobilinsky André
Contact
herve.monod@inra.fr
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
Dynenvie
Informations complémentaires

planor est aussi disponible sur le site du CRAN

Informations générales
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R; C++
Langage(s) d'interface
R
N° de version courante
V1.3-8
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

rbmn

Manipulation de réseaux bayésiens gaussiens

Creation, manipulation, simulation of linear Gaussian Bayesian networks from text files and more...

Mots clés
Auteur(s)
Denis Jean-Baptiste
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Publication de référence
Informations complémentaires

Jean-Baptiste Denis est en retraite, le package n'est plus maintenu et il n'a pas de contact, mais reste disponible sur le site du CRAN, tant qu'il continue à satisfaire les exigences de celui-ci.

Informations générales
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
R
Langage(s) d'interface
R
N° de version courante
V0.9-2
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

Agmial

Agmial est une chaîne de traitement permettant l'annotation de génomes bactériens.

Agmial is an integrated system for bacterial genome annotation. It has been developed with the following requirements in mind :

  • maximize annotation automation,
  • ability to work on draft sequences,
  • keep the program modular and extensible,
  • choose informatics and bioinformatics standards when possible (e.g. Web Services, RDBMS, ...)
  • distribute the program under an open-source license.
Auteur(s)
Loux Valentin
Contact
valentin.loux@inra.fr
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Publication de référence
Informations générales
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
Langage(s) d'interface
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence
GPL
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

IGO

Integration from Genome to Organisms (IGO) portal is a gateway to some of the resources developed within the MaIAGE laboratory: Pareo, Prose, Cocitations, Mosaic, B. subtilis expression browser, and Insyght.

IGO (Integration from Genomes to Organisms) is a web portal that interconnects different online tools developed at MIG laboratory in various domains: Mosaic for the comparison of genomes, Prose for the protein sequences, Bacillus subtilis Expression Data Browser for the expression of B. Subtilis data, Pareo for metabolic pathways and Insyght for homologies/syntenies. The integration of the different web tools relies on passing arguments as URL parameters. The benefit of this approach is that web applications from different technological backgrounds can be interconnected without major additional development. However, the web tools must support URL parameters such as the organism name, the strain, the gene name or the locus tag. The IGO web interface has been developed using the Google Web Toolkit (GWT). Data are stored in a PostgreSQL relational database which currently contains 389 bacterial organisms.
 

Auteur(s)
Derozier Sandra
Lacroix Thomas
Porteur(s)
Unité
MaIAGE
Equipe
PF Migale
Département co-porteur
Informations complémentaires

Ensemble de dev et de BDD

Informations générales
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
Langage(s) d'interface
N° de version courante
V2
Date de la version courante
OS supporté
Informations spécifiques
N° de version courante
Non renseigné
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Informations spécifiques
Nombre de cœurs
cœurs
Nombre ETP permanent
ETP
Nombre non ETP permanent
ETP

 

 

Système d'information scientifique MIA classé par unité (UR, UMR)

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