EuGène-PP


EuGene-PP est la déclinaison procaryote et automatisée d'EuGene, dédiée à l'annotation 100% automatique des génomes bactériens, en particulier en utilisant des données de type RNA-Seq orientées (mais il intègre comme EuGène des informations statistiques, de similarités protéiques...). Il permet en particulier de prédire des gènes non-codants, démarrage de transcription.

It is now easy and increasingly usual to produce oriented RNA-Seq data as a prokaryotic genome is being sequenced. However, this information is usually just used for expression quantification. EuGene-PP is a fully automated pipeline for structural annotation of prokaryotic genomes integrating protein similarities, statistical information and any oriented expression information (RNA-Seq or tiling arrays) through a variety of file formats to produce a qualitatively enriched annotation including coding regions but also (possibly antisense) non-coding genes and transcription start sites.


Informations générales
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
C++
N° de version courante
V1.2
Date de la version courante
Type de licence


Porteur(s)
Unité
MIAT
Equipe
SaAB
Département co-porteur
SPE
Auteur(s)
Erika Sallet
Jérôme Gouzy
Philippe Bardou
Marie-Josée Cros
Sylvain Foissac
Annick Moisan
Céline Noirot
Damien Leroux
Thomas Schiex
Contact
thomas.schiex@toulouse.inra.fr


Informations complémentaires

Lic : Artistic License (à re licencier, car les temrs ont été modifiés)

 

 

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