FrameDP


FrameDP est un outil de prédiction de gènes particulièrement ciblé sur l'analyse de transcrits eucaryotes maturés reconstruits à partir d'ESTs ou de lectures de type RNASeq. Il permet en particulier de corriger les décalages de phase et de traiter des séquences d'origines hétérogènes (contamination, symbiotes...).

Transcriptome sequencing represents a fundamental source of information for genome-wide studies and transcriptome analysis and will become increasingly important for expression analysis as new sequencing technologies takes over array technology. The identification of the protein-coding region in
transcript sequences is a prerequisite for systematic amino acid-level analysis and more specifically for domain identification. In this article, we present FrameDP, a self-training integrative pipeline for predicting CDS in transcripts which can adapt itself to different levels of sequence qualities


Mots clés
Informations générales
Suivi
Maintenu
Informations spécifiques
Langage(s) de développement
N° de version courante
V1.2.2
Date de la version courante
OS supporté
Type de licence


Porteur(s)
Unité
MIAT
Equipe
SaAB
Département co-porteur
SPE
Auteur(s)
Jerome Gouzy
Sébastien Carrere
Thomas Schiex
Contact
thomas.schiex@toulouse.inra.fr


Informations complémentaires

Langage Perl

 

 

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